Η ιστορία του Τμήματος ξεκινά το μακρινό 1946, όταν ιδρύεται ο «Σταθμός Κτηνοτροφικής Ερεύνης» του τότε Υπουργείου Γεωργίας. Από εκείνη τη στιγμή λειτουργεί αδιάλειπτα μέχρι και σήμερα.
Από την αρχή της λειτουργίας του πρόσφερε τα μέγιστα στην ελληνική κτηνοτροφία μέσω της επιστημονικής κατάρτισης των ανθρώπων που διετέλεσαν σε αυτό, του υψηλού γενετικού δυναμικού του ζωικού κεφαλαίου που φιλοξενούσε και, φυσικά, των ανθρώπων που καθημερινά ήταν υπεύθυνοι για τη φροντίδα και την περιποίηση των ζώων.
